O Seminário Maior São José abriga os seminaristas das Etapas do Propedêutico e do Discipulado. Na Etapa do Discipulado - ou dos estudos filosóficos - a formação baseia-se nas dimensões: humana, espiritual, intelectual, pastoral e comunitária. Os seminaristas frequentam o curso de Bacharelado em Filosofia na Universidade de Caxias do Sul com duração de três anos. Durante esse tempo envolvem-se em atividades de formação humano-cristã no seminário contando com ajuda de psicólogos e diretores espirituais. Realizam atividades pastorais nos fins de semana e durante uma tarde por semana.

O Curso Propedêutico é uma etapa do processo formativo presbiteral que visa proporcionar aos candidatos à vida presbiteral da Diocese de Caxias do Sul uma experiência de discipulado com Cristo Mestre. É, portanto, um ano privilegiado para o autoconhecimento, bem como para uma vivência mais profunda do mistério divino, revelado em Jesus Cristo. Além disso, os seminaristas, nesta etapa, procuram crescer intelectualmente, com estudos dirigidos sobre a pessoa de Jesus, sobre a Igreja, sobre os problemas sociais de nossa realidade e auxiliam na pastoral da saúde e no Santuário Diocesano Nossa Senhora de Caravággio.

No Seminário Maior São João Batista, da Diocese de Montenegro, residem também os seminaristas da etapa da Configuração, ou Teologia, da Diocese de Caxias do Sul. A casa está localizada em Viamão e os jovens estudam na Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS), em Porto Alegre.